Promotie J. (Jente) van Staalduinen

Hieronder volgt een korte samenvatting van het proefschrift:

Het menselijk lichaam bestaat uit honderden unieke celtypen. Hoewel individuele cellen dezelfde genetische informatie in hun kern bevatten, hebben cellen unieke vormen en eigenschappen door het aan en uit zetten van specifiek genen. Welke genen actief zijn, hangt af van de werking van veraf gelegen elementen, enhancers genoemd. Hoe enhancers en genen elkaar vinden in 3D is een centrale vraag in de biologie. Momenteel begrijpen we nog niet welke chromatine-gerelateerde processen de individuele beweging van enhancers en genen beïnvloeden. In dit proefschrift onderzocht ik of we locus labeltechnieken kunnen gebruiken om deze vragen te beantwoorden. We filmden de beweging van verschillende locaties binnen een genomische regio en ontdekten dat lokale genactiviteit niet samenhangt met veranderingen in beweging — een verband dat eerder voor andere genen wel was aangetoond. Deze studie laat dus zien dat het effect van genactiviteit op de beweging van enhancers en genen contextafhankelijk is. Tijdens het meten van de beweging van DNA merkten we dat deze metingen beïnvloed kunnen worden door rotaties van de celkern en beweging van de cel. We beoordeelden verschillende methoden uit de literatuur op hun vermogen om deze verstorende factoren nauwkeurig te corrigeren. We ontdekten dat het meten van een handvol alternatief gelabelde punten in de celkern voldoende informatie oplevert om DNA beweging te corrigeren voor beweging van de cel. De toepassing van locus labeltechnieken in levende cellen, zoals gepresenteerd in dit proefschrift, biedt unieke mogelijkheden om nieuwe aspecten van de biologie te onderzoeken.